Справившись с Боузером и защитив Бруклин, Марио снова оказывается втянут в опасные события. На этот раз ему противостоит неожиданный союз — коварные Варио объединились с Боузером-младшим. Их цель проста и пугающа: подчинить себе весь мир. Марио не один — верные друзья готовы поддержать его, а забавный и отважный Йоши тоже присоединяется к команде. Вместе им предстоит найти способ разрушить зловещие замыслы врагов и не дать им осуществить свои грандиозные, но опасные планы.